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駱駝腎髓質(zhì)抗旱相關(guān)基因的篩選

瀏覽: ?? 時間:2021-03-06 15:51

摘要:駱駝作為一種長期生活在沙漠中的動物,為了適應(yīng)高溫缺水的環(huán)境,進(jìn)化出了抗應(yīng)激特性。然而,在轉(zhuǎn)錄后調(diào)控水平上,非編碼RNA(ncRNA)介導(dǎo)的駱駝對干旱條件反應(yīng)的分子調(diào)控研究還很

駱駝作為一種長期生活在沙漠中的動物,為了適應(yīng)高溫缺水的環(huán)境,進(jìn)化出了抗應(yīng)激特性。然而,在轉(zhuǎn)錄后調(diào)控水平上,非編碼RNA(ncRNA)介導(dǎo)的駱駝對干旱條件反應(yīng)的分子調(diào)控研究還很缺乏。在水分脅迫條件下,通過對駱駝腎髓質(zhì)RNA序列的測定,我們發(fā)現(xiàn)了575個選擇性剪接事件(ASEs)和17個mRNA、26個miRNA和0個lncRNA。選擇下調(diào)的LOC105061856、上調(diào)的PCBP2和miR-195作為候選抗性相關(guān)基因。 缺水脅迫下,駱駝腎髓質(zhì)中有575例存在顯著差異(p<0.05),包括361個內(nèi)含子(SE)、7個保留內(nèi)含子(RI)、155個互斥基因(MXE)、27個5′剪接位點(A5SS)和25個3′剪接位點(A3SS)(圖1A;表S2-S6)。325、7、149、27和24個蛋白質(zhì)編碼基因分別在SE、RI、MXE、A5SS和3ss酶中被鑒定(圖1B;表S2-S6)。

(駝可汗內(nèi)蒙古駱駝奶招商加盟代理) 比較不同剪接類別之間的蛋白質(zhì)編碼基因,我們發(fā)現(xiàn)有35個基因重疊,如SE和A5SS之間的ZNF397和bptf(圖1C;表S2-S6)。此外,ASEs富集的分子功能在不同的剪接類型中也表現(xiàn)出明顯的差異(p<0.05),包括G-富鏈端粒DNA結(jié)合(GO:0098505)、miRNA結(jié)合(GO:0035198)、單鏈端粒DNA結(jié)合(GO:0043047)、端粒DNA結(jié)合(GO:0042162),羧酸酯水解酶活性(GO:0052689)、核激素受體結(jié)合(GO:0035257)和甲狀腺激素受體結(jié)合(GO:0046966)(圖1D,E)。 圖1.缺水脅迫下駱駝腎髓質(zhì)的選擇性剪接。(A) 在不同的選擇性表達(dá)類別中顯著差異的酶的數(shù)目;(B)具有顯著差異酶的蛋白質(zhì)編碼基因的數(shù)目;(C)具有顯著差異酶的蛋白質(zhì)編碼基因量的文氏圖;(D)具有蛋白質(zhì)編碼的富集顯著差異分子功能量的文氏圖顯著差異酶基因;(E)豐富了顯著差異酶蛋白編碼基因的分子功能。

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